С годами вуз рос и развивался: открывались новые кафедры, увеличивалось число преподавателей и студентов Кемеровского государственного медицинского института, поэтому в 1959 году было начато, а в 1961 году завершено строительство нового корпуса вуза. В Кировском районе, рядом с первым учебным корпусом, зданием бывшего ремесленного училища, было построено типовое здание главного корпуса и виварий.
Вузом в этот период руководил ректор Иван Федорович Попов, кандидат медицинских наук, доцент. Он, как и предыдущий руководитель, Степан Васильевич Беляев, большое внимание уделял развитию материально-технической базы мединститута.
Большую помощь в строительстве корпуса оказали студенты и преподаватели. Был создан штаб, который руководил работой студентов на завершающем этапе строительства. Возглавлял штаб заместитель декана лечебного факультета Евгений Николаевич Шерстенников. Студенты устраивали субботники, убирали и вывозили строительный мусор, озеленяли скверы.
В этом здании располагались администрация вуза, кафедры фармакологии, нормальной физиологии, микробиологии и военная кафедра. Также в корпусе было помещение комитета ВЛКСМ, кабинеты кафедр иностранного языка, общественных наук, биологии. И два зала – актовый и спортивный. На первом этаже размещалась библиотека.
В центре главного корпуса была настоящая, в виде амфитеатра лекционная аудитория. В небольшой комнате возле неё вскоре по инициативе сотрудников военной кафедры (начальника Вячеслава Ильича Шахлина, парторга института Владимира Сергеевича Опарина и майора Николая Яковлевича Козубовского) организовался музей Боевой славы, посвященный истории Великой Отечественной войны, позже некоторые его экспозиции вошли в состав музея истории Кемеровского медицинского университета.
Выпускник нашего медицинского вуза, бывший декан педиатрического факультета (с 1980 по 1998 гг.), доктор медицинских наук, профессор Виктор Степанович Овчёнков поделился воспоминаниями: «В 1961 году я учился на втором курсе, и на нас легла большая работа по уборке здания и прилегающей территории. По ходатайству руководителей вуза город выделил технику и машины для укладки асфальта. Подъездные пути к корпусу были облагорожены, а студенты привели в полный порядок внутреннюю часть двора. Расчистили площадь и построили волейбольную и баскетбольную площадки. Радости не было предела! Но особо нас впечатлял тогда лекционный зал, построенный в виде амфитеатра. Многие студенты такое видели впервые. А какой был спортзал! К нам потом приходили тренироваться спортсмены Кировского района и заводов. А затем в нём проходили крупные соревнования».

Этот учебный корпус считался главным до 1977 года, когда в Ленинском районе Кемерова на ул. Ворошилова, 22а ввели в эксплуатацию новый главный корпус. После чего бывший главный корпус в Кировском районе стал носить название санитарно-гигиенический.